Dans les écrits de cet homme de gouvernement on perçoit de manière très claire, malgré la réserve derrière laquelle il cache ses sentiments, le primat qu’il accorde aux enseignements du Christ. Saint Bellarmin offre ainsi un modèle de prière, âme de toute activité: une prière qui écoute la Parole du Seigneur, qui se satisfait d’en contempler la grandeur, qui ne se replie pas sur elle-même, mais est heureuse de s’abandonner à Dieu. Un signe distinctif de la spiritualité de Robert Bellarmin est la perception vivante et personnelle de l’immense bonté de Dieu, grâce à laquelle notre saint se sentait vraiment le fils bien-aimé de Dieu et c’était une source de grande joie que de se recueillir, avec sérénité et simplicité, en prière, en contemplation de Dieu. Dans son livre De ascensione mentis in Deum — Elévation de l’esprit à Dieu — composé sur le schéma de l’Itinerarium de saint Bonaventure, il s’exclame: «O mon âme, ton exemple est Dieu, beauté infinie, lumière sans ombres, splendeur qui dépasse celle de la lune et du soleil. Lève les yeux vers Dieu dans lequel se trouvent les archétypes de toutes les choses, et dont, comme d’une source d’une infinie fécondité, dérive cette variété presque infinie des choses. C’est pourquoi tu dois conclure: celui qui trouve Dieu trouve toute chose, qui perd Dieu perd toute chose».
Dans ce texte, on entend l’écho de la célèbre contemplatio ad amorem obtineundum — contemplation pour obtenir l’amour — des Exercices spirituels de saint Ignace de Loyola. Robert Bellarmin, qui vit dans la société fastueuse et souvent malsaine de la fin du XVIe siècle et du début du XVIIe siècle, tire de cette contemplation des aspects pratiques et y projette la situation de l’Eglise de son temps avec un vif souffle pastoral. Dans l’ouvrage De arte bene moriendi — l’art de bien mourir — il indique, par exemple, comme règle sûre d’une bonne vie, et également d’une bonne mort, de méditer souvent et sérieusement le fait que l’on devra rendre compte à Dieu de ses propres actions et de sa propre façon de vivre, et de chercher à ne pas accumuler de richesses sur cette terre, mais à vivre simplement et avec charité de manière à accumuler des biens au Ciel. Dans l’ouvrage De gemitu colombae — le gémissement de la colombe, où la colombe représente l’Eglise — il rappelle avec force tout le clergé et les fidèles à une réforme personnelle et concrète de leur propre vie, en suivant ce qu’enseignent les Saintes Ecritures et les saints, parmi lesquels il cite en particulier saint Grégoire de Nazianze, saint Jean Chrysostome, saint Jérôme et saint Augustin, en plus des grands fondateurs des Ordres religieux, tels que saint Benoît, saint Dominique et saint François. Robert Bellarmin enseigne avec une grande clarté et à travers l’exemple de sa propre vie qu’il ne peut pas y avoir de véritable réforme de l’Eglise si auparavant il n’y a pas notre réforme personnelle et la conversion de notre cœur.